El Departamento de Manuscritos, Incunables y Raros gestiona las colecciones de manuscritos, archivos personales, incunables, e impresos reservados, entendiendo por tales tanto los productos de la imprenta manual anteriores a 1831, como los considerados libros raros antiguos y modernos, es decir, los que, independientemente de su fecha de publicación, revisten especial valor cultural, así como ejemplares valiosos por su escasez, o por sus anotaciones, encuadernaciones o procedencias. El fondo manuscrito consta de unas 85.000 piezas que corresponden a ca. 25.000 signaturas con número currens, y otras 430 agrupadas bajo la denominación “Vitrina” y “Reserva”. Entre ellos se encuentran muchas de las obras emblemáticas de la BNE, como el Cantar de Mío Cid, los Códices Madrid I y II de Leonardo da Vinci, o el Beato de Fernando I y Doña Sancha. El creciente fondo de archivos personales de personajes del mundo literario y cultural, 66 actualmente, despierta asimismo un gran interés entre los investigadores. La colección de incunables suma 3.194 ejemplares, y los Impresos Reservados, más de 310.000. Dentro de estos últimos pueden distinguirse colecciones singulares como Cervantes, Teatro, Usoz, Graíño, Gómez Imaz, Porcones o Varios Especiales. Cabe señalar también la importante biblioteca de referencia de la Sala Cervantes, con algunos repertorios bibliográficos de gran rareza y antigüedad. Además, el fondo antiguo ubicado en otros depósitos se compone de más de 200.000 ejemplares.
